ClinGen – The Clinical Genome Resource

Podczas autopsji stwierdzono, że pacjent ma kardiomiopatię przerostową. Rodzina pacjenta prowadzi badania genetyczne, które wykazują prawdopodobny patogen wariant choroby na podstawie badania w oryginalnej publikacji badawczej. Biorąc pod uwagę dominujące dziedziczenie stanu i ryzyko nagłej śmierci sercowej, inni członkowie rodziny są testowani pod kątem wariantu genetycznego w celu określenia ich ryzyka. Kilku członków rodziny testuje się negatywnie i powiedziano im, że nie są narażeni na ryzyko kardiomiopatii przerostowej i nagłej śmierci sercowej, a ci, którzy wystawili test pozytywny, powiedzą, że muszą być regularnie monitorowani pod kątem kardiomiopatii w badaniu echokardiograficznym. Pięć lat później, podczas rutynowej wizyty w klinice jednego z członków rodziny z dodatnim genotypem, kardiolog pyta bazę danych o aktualną wiedzę na temat wariantu genetycznego i odkrywa, że odmiana jest teraz interpretowana jako prawdopodobnie łagodna przez inne laboratorium, które używa więcej ostatnio uzyskane dane o częstotliwości populacji. Nowo dostępny panel testowy dla dodatkowych genów, które są zaangażowane w kardiomiopatię przerostową, jest inicjowany u dotkniętego chorobą członka rodziny i stwierdzono, że inny wariant jest patogenny. Członkowie rodziny są testowani ponownie, a jeden z członków, który wcześniej testował wynik ujemny, okazał się pozytywny dla tego nowego wariantu. Natychmiastowe badanie kliniczne wykrywa objawy kardiomiopatii i wszczepia się defibrylator dosercowy w celu zmniejszenia ryzyka nagłej śmierci sercowej. Rysunek 1. Rycina 1. Histogram wariantów z badania nad chorobą Mendla na 15 000 probantów. Pokazano dane dla 5839 wariantów, które znaleziono u pacjentów z kardiomiopatią, utratą słuchu, RASopatiami (tj. Zespołami rozwojowymi powodowanymi przez mutacje w linii płciowej, które zmieniają podrodzinę Ras) , aortopatie, choroby dziedziczne, choroby płuc, choroby skóry i inne zespoły genetyczne, testowane przez Laboratorium Medycyny Molekularnej w Partners HealthCare. Pokazane u góry wykresu są odsetki pacjentów, którzy przenoszą często obserwowane patogenne warianty i pacjenci, którzy mają warianty, które są rzadkie lub o niepewnym znaczeniu.
W ciągu ostatnich 25 lat osiągnięto znaczne postępy w rozszyfrowywaniu genetycznych podstaw chorób ludzi, a ponad 5000 zaburzeń mendelowych jest obecnie rozumianych na poziomie genetycznym.1 Chociaż jest to niezwykle ważne osiągnięcie w zrozumieniu biologicznych cech choroby człowieka, włączenie tych wyników do opieki klinicznej jest poważnie kwestionowane przez brak publicznie dostępnych i dokładnych interpretacji ogromnej ilości znanej ludzkiej zmienności genetycznej. Ponad 80 milionów wariantów genetycznych zostało odkrytych w ludzkim genomie 2, a dla większości nie mamy jasnego zrozumienia ich roli w zdrowiu ludzkim i chorobie. Tak więc jesteśmy bardzo daleko od świata, w którym możemy sekwencjonować genomy pacjentów i łatwo interpretować ich ryzyko choroby, nawet jeśli pacjenci mają wariant genu, który jest związany z wysoce penetrantem genetycznym. Rzadkość większości wariantów, które są zidentyfikowane w genach mendlowych (Figura 1), utrudniła rozszyfrowanie wpływu takich wariantów na funkcję genu; najbardziej rzadkie warianty są oznaczone jako wariant o niepewnym znaczeniu . Ostatecznym czynnikiem przyczyniającym się do braku spójnego, klarownego i istotnego klinicznie opisu ludzkiej zmienności genetycznej jest tak zwany efekt silosu, w którym różne podmioty komercyjne i naukowe utrzymują izolację , czasem zastrzeżone, bazy danych wariantów interpretacji, co zapobiega dzieleniu się krytyczną wiedzą, która mogłaby przynieść korzyści pacjentom, rodzinom, pracownikom służby zdrowia, laboratoriom diagnostycznym i płatnikom.
Na podstawie analizy zgłoszeń do wariantowej bazy danych ClinVar Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej (NCBI) 3 odkryliśmy, że interpretacja znaczenia tego samego wariantu przez wiele laboratoriów klinicznych może się różnić, tak że co najmniej jeden interpretacja musi być błędna, a zatem może prowadzić do niewłaściwej interwencji medycznej, jak pokazano w powyższym przykładzie
[podobne: psycholog poznań, gdynia psycholog, wieszaki na medale ]

Powiązane tematy z artykułem: gdynia psycholog psycholog poznań wieszaki na medale